出っ張りはなくていいはず
iPhone SEはiPhone5sと同じデザインとされます。そのためiPhone6sよりも分厚くなります。そもそもカメラの出っ張りはiPhone6が薄型化したためにできたものでした。そのため、薄さを追求しないiPhone SEにカメラの出っ張りはないはずです。
スマートフォン搭載のカメラモジュールは光学的な要請で、ある程度の厚さが必要な部品です。iPhone6にはその部品を収納しきれる分厚さがなく、出っ張りのあるデザインになりました。しかしiPhoneSE（ =iPhone5s）の本体には十分な厚さがあるはずで、カメラの出っ張りはないと思われます。
カメラの出っ張りは本当にダメ
iPhone6が発表された時、一番がっかりしたのがカメラの出っ張りです。見た目がカッコ悪いだけでなく、テーブルなどに置いた時のガタつきも嫌です。iPhone5sをテーブルに置いた時のピタッとした接地感が好きだったので、本当に残念なデザインになりました（iPhone6の出っ張ったカメラを許したわけではない）。
しかし大画面化したiPhoneを片手で操作するには、薄さは必須です。また大画面となったことで本体が大型化し、バッテリー搭載場所が確保できたことで薄型デザインになったと思われます。この薄型化がカメラの出っ張りを生み出しましたということでしょう。
iPhone SEにカメラの出っ張りがなくなるのであれば、デザイン的な長所になると思います。